Práce na obnově hlavního oltáře probíhaly v etapách od roku 2006 do roku 2020. V letech 2018 a 2019 restaurátorský tým pod vedením Mgr. Daniela Talavery pracoval na obnově dřevěné architektury sloupů a římsy, soch a zlacených ornamentů. Výsledná podoba oltáře kombinuje zlato a plátkovou měď. Tuto barevnost, ve střední Evropě v tomto rozsahu unikátní, měl oltář v době svého vzniku v první čtvrtině 18. století.
„Před několika lety, v době začátku restaurování interiéru tohoto chrámu (…) jsem byl klášterem přizván jako expert k řešení celkové koncepce a záměru restaurování jeho prostoru, zejména všech oltářů.
Restaurování je velmi náročný proces, při kterém se dbá na uchování samotného díla, zejména jeho podstaty a hledají se cesty k původní prezentaci, jak která památka vypadala v době vzniku předmětného díla. Veškeré movité památky, v prostoru tohoto chrámu prodělaly od svého umístění v 17. století, mnoho změn, zejména v barevnosti polychromiích na sochařské výzdobě jednotlivých oltářů. Postupu restaurování a hledání oné správné cesty předcházela vždy rozsáhlá diskuze za účasti zástupců památkového ústavu, byly velmi podrobně analyzovány veškeré restaurátorské průzkumy, které byly podkladem pro výchozí stanovisko.
Na sochařské výzdobě oltářů, postavách světců a andělů, byly snímány pozdější přemalby zejména na polychromních vrstvách inkarnátů. Na četných místech bylo naneseno na nových podkladových křídových vrstvách nové zlacení. Tato křídová vrstva byla velmi silná, a proto absolutně degradovala původní bravurní expresivní řezbářskou modelaci a současně překrývala fragmentární původní vrstvu, na kterou byla položena měděná plátková folie. Zde právě bylo rozhodnuto ono zlacení, pravděpodobně z 19. století, odstranit a provést rekonstrukci za použití oné plátkové folie mědi.“
„Jak je již nyní patrné, po dokončení restaurování několika předchozích etap, restaurátorský záměr byl zvolen velmi dobře, ona autenticita působí v prostoru kostela velmi pozitivně.“
Doc. Petr Kuthan, akad. sochař a restaurátor
Celkové náklady na tyto restaurátorské práce činily 16,5 mil. Kč. Obnovu financoval klášter Pražského Jezulátka z příspěvků řady jednotlivých dárců, z grantu Hl.m. Prahy (2017 – 1,2 mil.Kč, 2018 -2,2 mil.Kč, 2019 – 1,2 mil Kč) a dotací Ministerstva kultury ČR (2006-2018 – 1,36 mil.Kč).
