Stavba krypty byla zahájena roce 1630 pod hlavním oltářem jako řádové pohřebiště. Od 40. let 17. století se budovala krypta pro světské osoby až dosáhla současné podoby. S délkou 67 metrů se jedná o jednu z největších krypt v Praze. V kryptě se pohřbívalo až do roku 1784, kdy císař Josef II. vydal zákaz pohřbívat lidské ostatky v prostorách kostelů. Mezi lety 1630–1784 zde bylo více než 300 rakví s ostatky řádových bratří, šlechty i běžných lidí. Krypta kostela není běžně otevřena návštěvám veřejnosti.
V letech 1611–1613 byl zde vybudován luteránský kostel Nejsvětější Trojice. Po bitvě na Bílé hoře v roce 1620 byl kostel v roce 1624 přidělen řádu bosých karmelitánů, kteří zahájili jeho přestavbu do dnešní podoby. Nový kostel byl zasvěcen Panně Marii Vítězné a sv. Antonínu Paduánskému. V roce 1630 byla zahájena stavba krypty pod hlavním oltářem jako řádové pohřebiště. Ve 40. letech 17. století došlo k vybudování krypty pro světské osoby na opačné straně kostela, pod dnešním vchodem. Asi letech 1649/1650 vznikly samostatné krypty pod oltáři sv. Šimona a Panny Marie a sv. Josefa. V roce 1654 založili páni z Talmberka samostatné krypty pod dnešními kaplemi Panny Marie a sv. Kříže. V letech 1666/1667 byly do té doby vybudované krypty propojeny dlouhou chodbou v ose kostela a mezi nimi byly vytvořeny nové prostory tak, jak je známe dnes. Pohřby se konaly většinou ve večerních až nočních hodinách, druhý den ráno zpravidla následovala zádušní mše. V případě šlechticů či jinak významných osob spojených s klášterem bylo zádušních mší konáno i velké množství v poměrně velkém časovém horizontu. Dary zemřelých a jejich rodin bosým karmelitánům za pohřeb a zádušní mše tvořily jeden z pilířů ekonomiky kláštera.
V roce 1784 císař Josef II. v rámci svých reforem klášter zrušil a zakázal pohřbívání v kostelích a uvnitř městských hradeb. Krypty většiny malostranských kostelů byly vyprázdněny a ostatky odvezeny do hromadných hrobů na malostranský hřbitov. Zdejší krypta však tomuto osudu unikla a stala se tak zcela unikátním zdrojem poznání především malostranské populace 17. a 18. století. V letech 1630–1785 zde bylo pohřbeno cca 300 osob. Větrací šachty v kryptě umožnily přirozenou mumifikaci těl. V důsledku pozdější stavební činnosti v okolí kostela došlo k narušení větracího systému a rozpadu ostatků. V roce 1971 se uskutečnila první fáze sanace krypty, druhá v letech 1999/2000. Většina ostatků byla převezena k důstojnému uložení do depozitářů Antropologického oddělení Národního muzea v Praze, v kryptě dodnes zůstalo jen několik dobře mumifikovaných těl. V roce 2024 byl ve spolupráci se zdejším klášterem zahájen revizní výzkum ostatků a písemných pramenů s cílem jmenovitě identifikovat co nejvíce ostatků a komplexně zdokumentovat historii zdejších pohřbů. Doposud byly na základě výzkumu ke konkrétním skupinám osob či přímo rodinám jednoznačně přiřazeny tyto krypty (číslováno dle systému zavedeného v roce 1971 respektive 1999/2000):
Zbývající krypty (č. 4, 6, 8, 9, 10, 11, 12, 14 a 16) patřily téměř výlučně šlechtickým rodinám a donátorům kostela, často je známo, kdo v nich byl pohřben, historicky však byly vedeny pouze jako šlechtické krypty a doposud není známo, že by nesly jméno nějaké konkrétní rodiny, jako tomu je ve výše uvedených případech.
Klášterní kroniky ze 17. a 18. století představují zcela unikátní pramen pro výzkum krypty. Obsahují řadu dnes již často jinak nezjistitelných informací o zemřelých, jejich socioekonomickém statusu, životě, onemocnění, i nákladech na pohřeb a jeho průběhu. Platí to zejména pro období před rokem 1696, pro nějž se nezachovaly matriky zemřelých kostela sv. Václava (respektive vedené pod jménem kostela sv. Mikuláše) na Malé Straně, kam byla zapsána většina tehdejších zemřelých z Malé Strany.
Slavatové z Chlumu a Košumberka Slavný hraběcí rod vladařů domu hradeckého zde pod oltářem sv. Šimona a Panny Marie trvale či přechodně pohřbíval od poloviny 17. století. Na oltáři je dodnes rodový erb. Kostel se stal místem odpočinku zejména předčasně zemřelých dětí, včetně synů z poslední generace rodu. V kryptě bylo také uloženo srdce Ferdinanda Viléma (1630–1673). Jeho bratr Jan Karel Jáchym (1640/41–1712) vstoupil do zdejšího řádu pod jménem Karel Felix od sv. Terezie a v letech 1671–1673 byl představeným kláštera.
Jan František Löw z Erlsfeldu (1648–1725) Významný lékař mnoha šlechtických rodů a císařského dvora, autor první soudně-lékařské učebnice u nás. O identifikaci jeho ostatků se pokoušel již prof. Emanuel Vlček (1925–2006) v roce 1971, bohužel neúspěšně. Úspěch přinesla až revize ostatků vyzvednutých z krypty a archivních pramenů v roce 2025 k výročí 300. let od jeho úmrtí. Ve své závěti uvedl, že si přeje být pohřben pod oltářem sv. Jana od Kříže, a jeho onemocnění, které si zaznamenal v deníku dnes uchovávaném v Národní knihovně, se shodují s nálezem na kostře.
Jan Kryštof Mandera (*cca 1628 až 1634, †1685) Původem z polské části Slezska, císařský, papežský i veřejný notář, sekretář arcibiskupské konzistoře a malostranský radní. Jeho ostatky byly identifikovány v roce 2025, mimo jiné i podle dnového onemocnění rukou a nohou (na obrázku), na které si stěžuje v úřední listině dochované v Národním archivu.
Pohřeb Františka Albrechta Cikána z Čermné 27. 6. 1696 Manžel Anny Františky Dobrzenské z Dobrzenic (1657–1707), zemřel 26. 6. 1696 ve 45 letech. Podle klášterní kroniky řádně zaopatřen církevními svátostmi. Druhý den v 9 hodin večer bylo tělo za vydatného deště dopraveno k pohřbu do kostela. Během pohřbu se však déšť změnil v bouři, do kostela uhodil blesk a poškodil oltář sv. Anny, což všechny přítomné vyděsilo a žena, která střežila vchod do kostela ohluchla na pravé ucho. Kvůli tomu se ihned začaly šířit po městě různé zvěsti o zemřelém, že nebyl řádně vyzpovídán, že spáchal nějaký těžký hřích, že nešetřil své nepřátele, a podobně.
Pohřeb Polyxeny Salomeny de Ernesti roz. Pistoriusové 7. 4. 1744 Dcera Jindřicha Štěpána Pistoria (†1680), radního Menšího Města pražského a inspektora karmelitánských statků, manželka Adama de Ernestiho (1659–1719), předsedy soudního dvora. Když karmelitáni nesli její rakev do kostela, jeden, který šel před rakví, stoupnul na ztrouchnivělá prkna zakrývající otevřený vchod do krypty v hlavní lodi kostela (měla být uložena nedaleko tohoto vchodu pod oltářem sv. Terezie po levé straně lodi kostela). A protože byl velice obézní, propadl se levou nohou do krypty, přičemž si pádem vážně zranil nohu pravou. Karmelitáni pak děkovali Bohu, že na prkna nestoupl oběma nohama, což by ho zřejmě stálo život, nebo že na prkna nevstoupili nosiči s rakví, což by dopadlo ještě hůře.
Ostatky z krypty kostela Pražského Jezulátka, tím že unikly zničení, představují světově unikátní soubor, který umožňuje vhled do zdravotního stavu přibližně 300 obyvatel Malé Strany v době baroka: šlechty, úředníků, měšťanů, či řemeslníků.
Úrazy V souboru byla zjištěna celá řada běžných zlomenin, zejména horních a dolních končetin. Je však pozoruhodné, že řada z nich, např. některé zlomeniny krčku stehenní kosti nebo zlomeniny holenních kostí, byly i bez chirurgického zákroku dobře srostlé, a bez následků. Kuriózní je pravděpodobný nezhojený chirurgický zákrok na lebce muže č. 31 po prodělané tříštivé zlomenině lebky a mnohočetné zlomeniny obličeje u muže č. 36. Oba byli pohřbeni v obecné kryptě č. 18. Patřili tedy nejspíše k měšťanům či řemeslníkům kláštera.
Nádory Zhoubné nádory jsou doloženy již z pravěku, a není tedy ani překvapivé, že se v nemalém počtu vyskytovaly i v baroku. Tehdy však ještě nebyly vždy dobře rozpoznány a správně pojmenovány. Příkladem může být Alžběta Polyxena Rottenbachová z Rottenbachu, rozená Dorbzenská z Dobrzenic, která byla 31. 3. 1696 pohřbena pod oltářem sv. Josefa. Bylo jí 43 let. Krátce před smrtí přijela z Poděbrad, kde se marně léčila s gangrénou v pravém prsu. Na základě dnešního stavu poznání je pravděpodobné, že šlo o karcinom prsu.
Záněty Vzácné nejsou ani nálezy zánětů kostí. Příkladem jsou ostatky věhlasného lékaře Jana Františka Löwa z Erslfeldu (1648–1725), který, jak si sám poznamenal do svého deníku, trpěl opakovaně růží (erisypel) levé nohy, zánětem způsobeným streptokoky. Rozsáhlý zánět se v jeho případě rozšířil na řadu míst v těle a současně v levé holenní kosti vyvolal její kompresní zlomeniny. U jedince č. 75 z krypty č. 8 byl nalezen extrémně rozsáhlý zánět levého bérce, který téměř rozpustil celý střed levé holenní kosti.
Pokud jde o specifické záněty, které vyvolává konkrétní a dle příznaků rozpoznatelný patogen, dosavadní výsledky ukazují na tuberkulózní zánět u mladé ženy č. 1 z krypty č. 11 (připadá v úvahu, že by se mohlo jednat o ostatky Terezie Anny Fröhlichové rozené Svobodové, která zemřela 23. dubna 1757 ve věku 26 let právě na tuberkulózu). Tuberkulóza byla v populaci velice běžná, a šířila se mezi lidmi bez ohledu na jejich sociální postavení. V celém souboru byl nalezen jediný prokazatelný případ onemocnění pohlavně přenosným onemocněním syfilis, které však bylo v tehdejší populaci relativně běžné. Jedná se však o neúplný a nekonkrétní nález stehenních a holenních kostí dospělého jedince z obecné krypty č. 18. Podle rozměrů tyto ostatky s větší pravděpodobností patřily ženě.
Skoliózy Zcela mimořádný je vysoký výskyt extrémních případů deformit páteře, tzv. skoliózy. Vždy se jednalo o ženy, které se dožily i pokročilého věku, a vždy je páteř vybočena doprava. Byly však zjištěny různé příčiny: vrozené, metabolické, či v důsledku nádoru.
Onemocnění páteře a koubů Jednotlivě byly nalezeny případy autoimunitních onemocnění – např. Bechtěrevovy choroby (lidově revma páteře), či metabolických chorob – např. dny (pakostice). V souboru, především v kryptě č. 3, bylo také několik případů nadměrného kostnatění vazů a šlach, zejména páteře (tzv. Forestierova choroba, tzv. difúzní idiopatická skeletární hyperostóza – DISH).
Ostatní nálezy V kryptě byly také ve dvou případech nalezeny ledvinové kameny. Jeden takový případ byl zaznamenán i v matrikách, kdy Ester Apolonia Tepperová, měšťanka, pohřbená do krypty 9. září 1707, zemřela „na kámen“.
Výzkum byl podpořen Ministerstvem kultury ČR v rámci institucionálního financování dlouhodobého koncepčního rozvoje výzkumné organizace Národní Muzeum (DKRVO 2024-2028/7.I.c, 00023272): interní grant Národního muzea „Osteodemografická revize a individuální identifikace pohřbů v kryptě kostela Panny Marie Vítězné na Malé Straně v Praze (17. až 18. století)“. Hlavní řešitel výzkumu Mgr. Jan Cvrček, Ph.D., Antropologické oddělení, Přírodovědecké muzeum Národního muzea v Praze.
Články: Osteodemografická revize a individuální identifikace pohřbů v kryptě kostela Panny Marie Vítězné – Národní muzeum
Zapomenuté hrobky Talmberků v kostele Panny Marie Vítězné a svatého Antonína Paduánského na Malé Straně v Praze (17.–18. století) – Národní muzeum
Kostel Panny Marie Vítězné a svatého Antonína Paduánského jako pražská nekropole Slavatů z Chlumu a Košumberka a jejich dědiců z rodu Trauttmansdorffů (17.–18. století) – Národní muzeum
Možnosti identifikace ostatků lékaře Jana Františka Löwa z Erlsfeldu (1648–1725) a jeho rodiny v kryptě kostela Panny Marie Vítězné a svatého Antonína Paduánského na Malé Straně v Praze – Národní muzeum
